但是，同时发动六颗“圣石之种”的菲特陷入了危机，奈叶不惜违反命令出手相救。
最后在两人的合作下，六颗“圣石之种”被成功封印。但是普蕾西亚的次元跳跃魔法击中菲特和舰船阿斯拉。双方再次陷入紧张状态，最终以艾尔芙和克洛诺分别捕获三颗后结束。
第10话：各自心中的誓言
由于艾尔芙不忍心菲特被普蕾西亚虐待，最终发生冲突，被攻击重伤逃走后，掉落到奈叶所住的世界，退化成大型犬后被爱利莎收养。
对与偶然前来访问的奈叶和尤诺，和随后监视的克洛诺，艾尔芙以“解救菲特”为条件，向众人说明了整个事件的详细情况。
随后阿斯拉的任务即转换为了逮捕普蕾西亚，而奈叶则接受了解救菲特的任务。并在海鸣临海公园开始了与菲特之间的战斗。
第11话：时光彼岸的回忆
双方赌上所拥有的全部“圣石之种”进行了最终战斗。最后，奈叶集中魔力炮“星光爆裂”命中菲特后获得胜利。而普蕾西亚的攻击击中菲特，夺走全部“圣石之种”，暴露了自己的所在地。时空管理局局员前去逮捕普蕾西亚，并在那里见到阿利西亚。
在得知真相的菲特，陷入绝望。与此同时，普蕾西亚不惜引发“次元断层”的代价想要和阿利西亚一起前往遗忘之地“阿鲁哈扎”。
第12话：宿命结束的时刻
时空庭院突入战
以克洛诺、奈叶、尤诺三人为首，时空管理局武装局员们执行了[时之庭院]突入作战。
本来已经崩溃的菲特，渐渐恢复。菲特决心结束自己的过去，而前往“时空庭院”向普蕾西亚解释自己终究还是她的女儿。并与奈叶合作，成功消灭强大的敌人。
但是已经疯狂的普蕾西亚并未听进，最终和阿利西亚的遗体一起掉落在无尽的裂缝。菲特又被刚赶来的奈叶救走。
第13话（最终话）：请呼唤我的名字
事件结束后，奈叶在本事件中成功解决获得表彰，而菲特在本事件中引发次元犯罪而逮捕，前往时空本局进行审判。菲特和奈叶单独见面时，菲特想要回应奈叶“成为朋友”的愿望，却对此一无所知，奈叶告诉菲特如何做朋友，只要“首先从互相呼唤对方名字开始”，就会成为好朋友。两人约定了一定要再次相见后，交换了束发带，踏上了离别的旅途。
第二部《魔法少女奈叶A’s》
AS第1话：开端是如此地突然
八神疾风在过生日的昨天晚上，她身边的暗之书突然启动…
铃鹿与疾风在图书馆相识。
当日晚上奈叶初次遭遇到维塔的袭击，两人发生战斗，并在战斗中负伤，“旭日之心”也受到相当程度的破坏。
正在维塔要对奈叶进行最后一击时，重逢而来的菲特突然出现并救下了奈叶。
AS第2话：战斗的暴风雨再次降临
菲特和希格诺初次相遇。
在艾尔芙和菲特的两人夹击下，维塔陷入不利。随后增援而来的希格诺和守护兽扎斐拉立刻再次扭转了局势。
不仅尤诺也加入了战斗，而且奈叶仍处于不利的局面。但是奈叶带着负伤的身体使用“星光炮”成功打破了结界。刚一打破时，莎玛尔就已经夺取了奈叶的“念动之核”。
与此同时克洛诺已经确认到“暗之书”的存在
AS第3话：再会与搬家！
在总局治疗后的奈叶和菲特与时空管理局高官吉尔·格雷姆提督见面。
随后，琳蒂提督将以奈叶为中心的“暗之书”进行调查，由于舰船阿斯拉不能使用，琳蒂提督就把司令部设在奈叶家附近，并将菲特安排在圣样私立小学与奈叶同班，菲特还与爱丽莎、铃鹿两人见面。
而暗之书守护骑士因上次战斗被引起注意的原因，她们将前往远一点的世界收集魔力。
AS第4话：新的力量，启动！
菲特第一次上小学，入读圣样私立小学三年级，与奈叶、爱丽莎、铃鹿同班。
奈叶的“念动之核”经过一段时间修炼后以完全恢复，与此同时，旭日之心和雷光战斧已经修理完成，而且安装了魔力弹装填系统。
艾蜜刚刚作说明时，维塔和扎斐拉就已经被发现，并与克洛诺和局员们在结界内交战。
奈叶和菲特因应急情况只好使用旭日之心和雷光战斧与它们交战并使用了新的名字——烈日之心、雷霆战斧。
AS第5话：小小的心愿（前篇）
疾风和莎玛尔在超市买了半价的新鲜肉，而且铃鹿也一起过来吃饭。
与此同时，希格诺突入结界支援维塔和扎斐拉，并与奈叶、菲特、艾尔芙交战。双方发生第二次激战，能力不分上下。克洛诺就趁着她们交战在结界以外寻找暗之书主人。
在情况不妙时，莎玛尔就已经被克洛诺逮住，随后来了一名不明身份的面具男子将克洛诺牵制住，让莎玛尔使用暗之书来破坏结界救出大家。
在铃鹿家的疾风已经接到莎玛尔的电话，但疾风并不感到担心，也不会责备她们。
AS第6话：小小的心愿（后篇）
正在调查暗之书的克洛诺邀请尤诺明天来帮忙工作。
与此同时，铃鹿邀请疾风在她家过夜，并找个机会与奈叶认识。
自从暗之书在疾风家开启以来，疾风就与守护骑士希格诺、维塔、莎玛尔、扎斐拉初次相遇。虽然守护骑士们都臣服于任何一位主人，但是疾风把她们当做自己的家人对待。不久，疾风的双腿就受到暗之书的侵蚀，并激化了守护骑士们对暗之书的魔力收集。
尤诺与罗蒂和艾利娅初次见面，克洛诺要她们俩协助尤诺在“无限书库”收集资料。
AS第7话：破碎的过去与现在
菲特的朋友们为她推荐新的手机，而且琳蒂提督为她购买了她所想要的手机。
琳蒂提督已经返回总局试航阿斯拉，指挥部的负责人就由艾蜜代理，而且就已经接到来自无人沙漠世界警报，菲特和艾尔芙前去迎战。奈叶再最后出击，阻止维塔。
面具男子再次出现，阻止奈叶狙击维塔。奈叶在解开枷锁，两人就消失不见。
菲特和希格诺在陷入疲倦情况下，刚要进行最后的胜负时，菲特就惨遭毒手，被面具男子抽取了“念动之核”。
AS第8话：悲伤的决心勇气的选择
疾风突然感到头晕、胸口疼和手抽筋等感觉，石田医生就要求疾风住院观察。
尤诺在“无限书库”里已经收集到一些有关资料，告诉了克洛诺和艾蜜。但是关于那名面具男子的特殊能力，实在觉得非常厉害。
菲特身体恢复后又正常和奈叶一起上学，她们得知了疾风住院的消息，一起去探望疾风。但是却引起守护骑士们的恐慌。
疾风受到的暗之书的侵蚀越来越高，并激起守护骑士们更加拼命地收集暗之书的魔力。
AS第9话：圣诞前夜
第二天，奈叶和菲特、铃鹿、爱丽莎一起去探望疾风时，偶然与守护骑士们碰面。疾风毫无疑问就是暗之书主人。为了不在疾风面前发生冲突，双方只对视了一会。
随后，在高楼楼顶上，发生激烈冲突。
两名面具男子出现，将所有人用枷锁捆绑起来，然后用暗之书将所有守护骑士们的念动之核全部吞噬。接着，两名面具男子将奈叶和菲特关在水晶牢笼里，并变成了她们的样子在疾风面前上演了悲剧仪式，使得疾风的诅咒被完全激化。最后，暗之书主体封印得到解放。
AS第10话：命运
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